var_dump(array_pop(range(0,5)));
// Strict Standards: Only variables should be passed by reference in Command line code on line 1
// int(5)

var_dump(array_pop( (range(0,5)) ));
// int(5)

В первом случае ПХП обращает наше внимание на то, что функция array_pop требует передачи значения по ссылке, что возможно только для переменной. Поскольку мы передаём результат работы функции, то логично, что ПХП в этом месте нам на это пеняет. Но если обернуть функцию в скобки, то интерпретатор уже всё устраивает.

Я не смотрел байт-код, поэтому не знаю причины точно, но мне кажется всё дело в том, что во втором случае примитивный парсер ПХП просто не узнаёт ситуацию, в которой должен выдавать предупреждение.