Увы, MySQL, если выбрать кодировку Unicode, считает, что «е» и «ё» — это одно и то же. Багом это не считается, в официальной таблице, где описано как MySQL 6.0 сравнивает символы, эти символы в одном ряду.

mysql> set names utf8 collate utf8_unicode_ci;
Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)

mysql> select 'е'='ё', 'ё'='ѐ'\G
*************************** 1. row ***************************
'е'='ё': 1
'ё'='ѐ': 1
1 row in set (0.00 sec)

Самое печальное, это нелогичное поведение всплывает, если есть потребность перевести базу с CP1251 на UTF-8, так как в CP1251-то как раз всё хорошо:

mysql> set names cp1251;
Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)

mysql> select 'е'='ё', 'ё'='ѐ'\G
*************************** 1. row ***************************
'е'='ё': 0
'ё'='ѐ': 0
1 row in set (0.00 sec)

Чем это может быть плохо? Например, у нас по какому-то текстовому полю имеется уникальный ключ. Для иллюстративности, пусть это будет словарь фамилий. Фамилии Рублев и Рублёв — разные, но MySQL так не считает (для простоты опускаю другие поля):

mysql> set names utf8 collate utf8_unicode_ci;
Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)

mysql> create table surname(surname varchar(255) primary key);
Query OK, 0 rows affected (0.07 sec)

mysql> insert into surname values('Рублёв');
Query OK, 1 row affected, 1 warning (0.00 sec)

mysql> insert into surname values('Рублев');
ERROR 1062 (23000): Duplicate entry 'Рублев' for key 'PRIMARY'

Я придумал только один способ, исправляющий это поведение (но у него есть недостаток):

mysql> create table surname(surname varchar(255) primary key collate 'utf8_bin');
Query OK, 0 rows affected (0.02 sec)

mysql> insert into surname values('Рублёв');
Query OK, 1 row affected (0.00 sec)

mysql> insert into surname values('Рублев');
Query OK, 1 row affected (0.00 sec)

mysql> select * from surname where surname='рублев';
Empty set (0.00 sec)

Я выключил case insensitive у данного столбца, явным указанием «collate». Это полностью решает проблему с «ё», но лишает нас удовольствия искать, не заботясь о совпадении регистра.