Великая загадка функции PHP ob_gzhandler раскрыта. Я посмотрел исходный код PHP и вот что я увидел: второй параметр этой функции — это флаг, который разрешает или запрещает отправку заголовка и окончания сжатого потока. У файловых архивов, как правило есть заголовок и, иногда, некое информативное окончание (например, информация о контрольной сумме). Так как вызовов ob_start с ob_gzhandler у вас может быть несколько, а заголовок должен быть только один, этот параметр и предназначен для отсечения «лишних» данных.

Я могу ошибаться в деталях, поскольку лишь пробежался по исходникам, но общий смысл именно таков.