Век живи, век учись. Оказывается, в Internet Explorer есть возможность, через фильтры, указывать rgba-цвет:

.element{
    /*color = black, opacity = 0.6 */
    filter:progid:DXImageTransform.Microsoft.gradient(startColorstr=#99000000,endColorstr=#99000000); /*AARRGGBB*/
    zoom: 1
}

Большая часть фильтров понимает цвет в формате argb (первая компонента — прозрачность).