Читаю PHP Inside №8. Цитата:

Чтобы узнать, равны ли два файла, можно использовать следующий способ:
if (sha1_file($file) == sha1_file($file2)) { .. }

С помощью этой конструкции можно, в общем случае, узнать, что два файла неравны, а вот про равенство ничего сказать нельзя — так как у двух разных файлов, может быть одно и тоже значение хеша.